Semasa zaman Orde Baru

Rusuhan anti-Malaysia 2010

Pemuda Pancasila juga terkenal dengan cara konfrontasi apabila Indonesia dihina atau dianggap telah dijatuhkan nama. Pada 2010, anggota-anggota Pemuda Pancasila membakar bendera Malaysia di Batam selepas insiden pencerobohan oleh penangkap ikan haram Indonesia di perairan Malaysia. Insiden itu juga dimotivasikan oleh sentimen Anti-Malaysia dikalangan rakyat Indonesia yang menebal ketika itu.[4] Dua tahun kemudian pada 2012, insiden pembalingan botol terjadi keatas Kedutaan Besar Malaysia di Jakarta akibat tuduhan yang berkaitan Malaysia 'mengklaim' tarian Tor-Tor.[5] Ia sekaligus meregangkan hubungan Malaysia-Indonesia yang menyaksikan Duta Besar Indonesia dipanggil untuk memberi keterangan.[6] Pada 2017, Pemuda Pancasila mensasarkan Konsulat Malaysia di Pekanbaru akibat insiden bendera Indonesia yang terbalik secara tidak disengaja di sebuah gambar bagi profil negara-negara bertanding di Sukan Asean 2017.[7]